Program Studi DIII Keperawatan berdiri sejak 9 Juni 1994 bernama Akper Muhammadiyah Gombong. Akper Muhammadiyah Gombong mengalami perubahan bentuk menjadi STIKES Muhammadiyah Gombong pada tahu 2003 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional, Nomor. 44/D/O/2003 tanggal 7 Mei 2003 tentang ijin pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Muhammadiyah Gombong dan Surat Keputusan Menteri Kesehatan, Nomor. HK.03.2.4.1311 tanggal 4 April 2003 tentang persetujuan pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Muhammadiyah Gombong.
Program studi DIII Keperawatan ditempuh selama 6 semester (3 tahun) maksimal 10 semester (5 tahun) dengan gelar Ahli Madya Keperawatan (Amd.Kep). Prodi DIII Keperawatan menyiapkan lulusan yang unggul dalam bidang kegawatdaruratan. Pasien kondisi gawat darurat dapat ditemui di berbagai tatanan klinis serta kondisi geografis Indonesia yang rawan bencana mendasari diterapkannya unggulan kegawatdaruratan dan mampu bersaing di era global. Sebagai salah satu amal usaha muhammadiyah, lulusa Prodi DIII Keperawatan STIKES Muhammadiyah Gombong juga dibekali dengan Al Islam dan Kemuhammadiyahan agar dapat diterapkan dalam kehidupan sehari-hari serta menjadi kebanggaan ummat.
Perawat ahli madya STIKES Muhammadiyah Gombong juga dibekali dengan sertifikasi unit khusus meliputi:
- Instalasi Gawat Darurat
- Unit Hemodialisa
- Unit Kamar Bedah
Mahasiwa juga disiapkan dapat bekerja di perusahaan besar di Indonesia melalui sertifikasi Hiperkes-K3.